我对UMAP的坐标轴格式有一种非常明确的偏好，这是我的个人喜好，也是与我们实验室的做法保持一致。

以前我使用下面的代码，坐标轴就会是这样的（我想要的效果！）

# Define small axes
axis <- ggh4x::guide_axis_truncated(
  trunc_lower = unit(0, "npc"),
  trunc_upper = unit(2, "cm"),
  arrow = grid::arrow(type = "closed", length = unit(0.2, "cm"))
)

# Remove ticks
riz_theme <- theme(axis.line = element_line(arrow = arrow()),
                   axis.title = element_text(hjust = 0), axis.text.x=element_blank(), 
                   axis.ticks.x=element_blank(), 
                   axis.text.y=element_blank(), 
                   axis.ticks.y=element_blank())

# Plot - here I implement my defined small axes
DimPlot(COs, group.by = "Phase") + NoLegend() + guides(x = axis, y = axis) + riz_theme + riz_legend_pdf + riz_guides_pdf + ggtitle('By Phase')

我知道我可以设置NoAxes()，再复制并粘贴一个截图，但上述做法效果很好，如果只是一个简单的修复，重新使用起来也会很方便。

当前的UMAP看起来是这样的！

解决方案

现在你可以使用 ggplot2::guide_axis(cap="upper") 在上限处截断坐标轴（并且 ggh4x::guide_axis_truncated 会就此发出一个警告）。不过，我看不到有使用 unit 来设置轴线长度的选项。相反，你可以使用 scale_x/y_xxx 来设置上限断点：

library(ggplot2)

axis <- ggh4x::guide_axis_truncated()
#> Warning: `guide_axis_truncated()` was deprecated in ggh4x 0.3.0.
#> ℹ Please use `ggplot2::guide_axis(cap = TRUE)` instead.
#> This warning is displayed once per session.
#> Call `lifecycle::last_lifecycle_warnings()` to see where this warning was
#> generated.

p <- ggplot(mtcars, aes(hp, mpg)) +
  geom_point() +
  theme_classic()

axis <- guide_axis(
  cap = "upper",
  theme = theme(
    axis.line = element_line(
      arrow = grid::arrow(type = "closed", length = unit(0.2, "cm"))
    ),
    axis.text = element_blank(),
    axis.ticks = element_blank()
  )
)

p +
  scale_x_continuous(breaks = 75) +
  scale_y_continuous(breaks = 15) +
  guides(
    x = axis,
    y = axis
  )