在Windows Subsystem for Linux(WSL)中创建一个Conda环境
我刚开始使用Windows Subsystem for Linux(WSL)。我有一个yml文件,用来创建名为proteomics_skani的环境,它是在WSL内部调用的,yml文件保存在我的Windows文件系统中:
name: proteomics_skani
dependencies:
- python=3.10
- pandas
- numpy
- requests
- pip
- scipy
- spyder
- bioconda::skani
- conda-forge::networkx=3.1
- pip=22.3.1
- pip:
- plotly==5.24.1
- pytest==8.2.2
我需要在代码中使用Skani,它只在Linux上运行。我正在运行这个命令,在WSL中创建我的环境,这样我就可以在该环境中从WSL打开Spyder,并在Python中使用subprocess调用Skani程序。
然而,我遇到了一个错误:
(base) username@my-id:/mnt/c/Users/username$ conda create --file "mnt/c/Users/username/OneDrive - myUniversity/Desktop/proteomics_skani.yml"
2 channel Terms of Service accepted
Retrieving notices: done
ArgumentError: one of the arguments -n/--name -p/--prefix is required
有人能指出问题出在哪里吗?我猜把yml文件保存在WSL的目录/操作系统中会比较好,但我不知道应该把它放在哪里(只是 \\wsl.localhost\Ubuntu-24.04 的基础文件夹?)。
谢谢!
Tim
编辑
有人说更新的conda版本已经安装了,这点挺有意思的,因为它也显示我有问题的版本,但有更新的版本可用:
(base) username@my-id:/mnt/c/Users/username$ conda -V
conda 26.1.1
(base) username@my-id:/mnt/c/Users/username$ conda update --name base conda
2 channel Terms of Service accepted
Channels:
- defaults
Platform: linux-64
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 26.1.1
latest version: 26.3.2
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
# All requested packages already installed.
(base) username@my-id:/mnt/c/Users/username$ conda update -n base -c defaults conda
2 channel Terms of Service accepted
Channels:
- defaults
Platform: linux-64
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 26.1.1
latest version: 26.3.2
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
# All requested packages already installed.
(base) username@my-id:/mnt/c/Users/username$ conda -V
conda 26.1.1
解决方案
你可能需要检查你安装的版本有多旧
conda -V
我在版本 26.1.1 时也遇到了同样的错误,但更新到最新版本 26.3.1 后就开始工作了
conda install --name base conda=26.3.1
我甚至找到了 Conda 26.3.0/26.3.1的变更,并且有如下内容:
Notable Changes:
conda create --file and conda install --file accept environment.yaml
as well as requirements.txt and explicit exports;
with --name / --prefix omitted, the name or prefix is inferred from the file.
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