我正在绘制经 -log10转换的p 值。我的最感兴趣的点（0）变成了 Inf，在绘图时被视为NA。我手动用Viridis调色板的最高值来着色它们（na.value = "#fde725"）。然而，这种黄色在图例中的可见度极低，几乎只是一丝，与背景的白色融为一体：

library(ggplot2)
library(patchwork)
dd <- cbind.data.frame(
  name=LETTERS[1:10],
  pval=c(0.01, 0.1, 1e-5, 1e-3, 0.4, 
         0, 1e-6, 0.1, 0, 1e-4)
)

p1 <- dd %>%
  ggplot( aes(y=name, x="x", fill=-log10(pval))) +
  geom_tile() +
  scale_fill_viridis_c(na.value = "#fde725", oob = scales::squish) +
  theme(aspect.ratio = 3) +
  labs(title="no limits", x=NULL, y=NULL)
p2 <- dd %>%
  ggplot( aes(y=name, x="x", fill=-log10(pval))) +
  geom_tile() +
  scale_fill_viridis_c(na.value = "#fde725", oob = scales::squish,
                       limits=c(0,7), breaks=seq(0:10)) +
  theme(aspect.ratio = 3) +
  labs(title="limits 0-7 + breaks 0-10", x=NULL, y=NULL)
p1+p2

我想让颜色条显示正常的Viridis颜色条，直到最高值为止，然后仅为图例的目的在视觉上把条延长几毫米，这样在尺度的顶部就能更清楚地看到NA/Inf/0的浓黄。

我已经尝试修改极限（只对把最高的有限值（G行）往下挪一个档有用）并在极限之外添加断点，但都对颜色尺度没有影响。

是否可以显示正常的viridis梯度颜色条，然后在它的一端再添加一个同色的“斑块”？

解决方案

好吧，我找到了答案。我差点就搞定了。

解决办法是把 limits 和 values 这两个参数结合使用。通过把上限 limit 设置为数据中最大（有限）值之外的某个值，并把 values 的上界设为介于该上限值与100% 之间的某个百分比，你就可以在颜色条的顶部/底部得到一个带有“边缘”颜色的区域。

在我的示例中，数据的最高有限值是6，上限是7。因此，6/7=0.85，使用 values=c(0, 0.9) 颜色在G 行“低于黄色”的区域，而条顶部的10% 区域是深黄，这样就不再只有一丝丝，而是出现明显的黄带。

p3 <- dd %>%
  ggplot( aes(y=name, x="x", fill=-log10(pval))) +
  geom_tile() +
  scale_fill_viridis_c(na.value = "#fde725", 
                       values=c(0,  0.9),
                       limits=c(0, 7)) +
  theme(aspect.ratio = 5) +
  labs(title="values 0, 0.9\nlimits 0-7", 
       x=NULL, y=NULL)
p4 <- dd %>%
  ggplot( aes(y=name, x="x", fill=-log10(pval))) +
  geom_tile() +
  scale_fill_viridis_c(na.value = "#fde725", 
                       values=c(0, 1.3/7,  0.9),
                       limits=c(0, 7)) +
  theme(aspect.ratio = 5) +
  labs(title="values 0, 0.19, 0.9\nlimits 0-7", 
       x=NULL, y=NULL)
p1+p2+p3+p4 +plot_layout(nrow=1)

最好的是 scale_fill_viridis() 基于 scales::pal_gradient_n()，因此该方案可以应用到多种颜色尺度。并且可以用来“拉伸”颜色尺度内的数值范围（第四列）。