在新安装的Fedora 43上安装tidyverse包时遇到问题

编程语言 2026-07-10

我已经尝试安装tidyverse R包好几个小时了。我是在全新安装的Fedora 43（运行KDE Plasma）上，而且没有使用RStudio。每次在全新Fedora安装上安装同一个包时，我通常只需要在R 之外安装依赖项（xml2、curl、openssl、libuv、libpng、libjpeg、libtiff、libwebp、fontconfig和 freetype2），然后tidyverse就会像往常一样安装。通常我可以通过错误信息来判断哪些依赖缺失，错误信息下方会有一个名为ANTICONFIG的标题。我也查过是否有其他人遇到相同的问题，但他们的情况都不完全相同（也许我遗漏了什么）。

到目前为止，我已经安装了这些错误信息中R 要求的所有依赖，但仍然无法安装tidyverse。此外，错误信息再也不具备信息量，所以我不知道接下来该怎么做。我在我的研究中用这个包进行所有数据可视化，因此不能没有它。

当前的错误信息如下，来自命令 install.packages("tidyverse")。

> install.packages("tidyverse")
Installing package into '/home/oliver/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.5'
(as 'lib' is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
also installing the dependencies 'rmarkdown', 'reprex'

trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/rmarkdown_2.31.tar.gz'
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/reprex_2.1.1.tar.gz'
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/tidyverse_2.0.0.tar.gz'
* installing *source* package 'rmarkdown' ...
** this is package 'rmarkdown' version '2.31'
** package 'rmarkdown' successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error: object 'attr' is not exported by 'namespace:xfun'
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package 'rmarkdown'
* removing '/home/oliver/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.5/rmarkdown'
ERROR: dependency 'rmarkdown' is not available for package 'reprex'
Perhaps try a variation of:
install.packages('rmarkdown')
* removing '/home/oliver/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.5/reprex'
ERROR: dependency 'reprex' is not available for package 'tidyverse'
Perhaps try a variation of:
install.packages('reprex')
* removing '/home/oliver/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.5/tidyverse'

The downloaded source packages are in
        '/tmp/Rtmp0GMiOa/downloaded_packages'
Warning messages:
1: In install.packages("tidyverse") :
  installation of package 'rmarkdown' had non-zero exit status
2: In install.packages("tidyverse") :
  installation of package 'reprex' had non-zero exit status
3: In install.packages("tidyverse") :
  installation of package 'tidyverse' had non-zero exit status

解决方案

下面是我打算用来尝试解决这个问题的策略：

首先，xfun 在这里以某种方式参与其中。它没有名为 attr 的函数，但某处的代码似乎要么引用 xfun::attr，要么试图从 xfun 导入 attr。我会删除 xfun 并重新安装它。
如果那样没用，我会尝试弄清楚是哪个代码在试图获取 xfun::attr。它可能是一个启动脚本，也可能是你当前工作区中的一个函数。例如，RStudio会把 install.packages 替换成它自己的函数。也许你在没有使用RStudio的情况下，仍然保留了他们的函数的拷贝。一般来说，在安装前清理工作区只会有帮助（前提是你那里没有不可替代的东西。如果有，先把它保存起来，然后再从工作区删除）。

调试标准的 install.packages() 函数很困难，因为它在某些步骤中会启动独立的R 进程。希望你不需要这么做。

installation